در تظاهراتی كه یك روز بعد از صدور حكم دادگاه برلین در مقابل سفارت آلمان در تهران برگزار شد چندین هزار نفر از مردم از دولت ایران خواستند در صورت عدم عذرخواهی صریح دولت آلمان و یا حداقل برائت نجستن از رای دادگاه میكونوس، رابطه با آلمان را قطع كرده و دولت این كشور را به خاطر پناه دادن و حمایت از تروریستها به دادگاه بكشاند.

راهپیمایان وتجمع كنندن همچنین با صدور بیانیه ای خواستار معذرت خواهی مستقیم دولت آلمان از رهبری نظام شدند. همچنین درتظاهرات دیگری تعداد زیادی از مجروحین و جانبازان شیمیایی كه در جنگ ایران و عراق با سلاحهای شیمیایی اهدائی شركتهای آلمانی مجروح شده بودند، بر روی برانكارد و ویلچر به اعتراض علیه این حكم مبادرت كردند.

آنها معترض بودند كه چطور دادگاههای آلمان به شكایات آنها علیه شركتهای آلمانی رسیدگی نمی كنند اما چنین احكام فضاحت باری را كه كاملاً سیاسی است ، علیه كشورمان صادر می كنند. پس از چندی كشورهای عضو اتحادیه اروپا تصمیم گرفتند سفرای خود را به تهران بازگردانند.

به دنبال نشست لوگزامبورگ، جمهوری اسلامی ایران به فرمان رهبر انقلاب با بازگشت سفیر آلمان به تهران مخالفت ورزیدد كه این اقدام ایران اتحادیه اروپا را شوكه كرد و باعث شد آنان بار دیگر اما این بار از موضع ضعف حمایت خود را از آلمان مورد تاكید قرار دهند.

مقامات كشورهای اروپایی سپس در اظهار نظرهای گاه و بیگاه خود اعلام كردند كه سفرای آنها به صورت گروهی باز خواهند گشت. در همین مقطع زمانی كه ایران درگیر انتخابات ریاست جمهوری بود، كشورهای اروپایی منتظر نتیجه انتخابات ایران بودند تا اینكه سید محمد خاتمی به ریاست جمهوری ایران برگزیده شد.

پس از انتخابات دوم خرداد ماه سال 76 اروپائیها كه از قطع روابط با جمهوری اسلامی ایران متضرر شده بودند تغییر در ریاست جمهوری كشورمان را بهانه قرار داده و اعلام كردند كه خواستار از سرگیری روابط با ایران هستند. كلاوس كینگل وزیر امورخارجه وقت آلمان در مصاحبه ای گفت كه با روی كار آمدن دولت جدید در ایران امكانی برای گشودن فصل جدیدی از روابط میان اتحادیه اروپا و ایران بوجود آمده است و بالاخره سفرای كشورهای اروپایی پس از چند ماه خروج ناكام از ایران، به تهران بازگشتند.

 تشابه بازگشت سفیران اروپایی در اواسط آبانماه سال 1376 به ایران با بازگشت آنان در ماجرای حكم تاریخی حضرت امام خمینی علیه سلمان رشدی مرتد یكبار دیگر حقانیت سیاستهای منطقی و مردمی جمهوری اسلامی ایران را در جهان آشكار كرد.

این موضوع همچنین نشان داد در صورت پایداری مقامات جمهوری اسلامی ایران در مقابل خواسته های نامشروع غرب ، آنها مجبور به عقب نشینی از مواضع خود هستند. اگر چه اتحادیه اروپا در این ماجرا تلاش كرد با پیوند زدن خود به رسوایی دادگاه میكونوس از رسوائی ناشی از اخراج سفیر آلمان بكاهد ولی در مدت كوتاهی این ترفند رنگ باخت و كشورهای اروپایی یكی بعد از دیگری تلاش كردند راهی برای بازگرداندن سفرای خود به تهران پیدا كنند.

رادیو كلن آلمان در این باره گزارش داد از هنگامی كه كشورهای اروپایی سفرای خود را به عنوان همبستگی با آلمان از تهران فرا خواندند، تمامی كوششها متوجه این نكته گردید كه این سفرا چگونه به تهران بازگردند. همچنین رادیو رژیم صهیونیستی نیز بدون اشاره ای به سوابق موضعگیری آمریكا در این باره گفت: واشنگتن با بازگشت سفیران هیچ گونه مخالفتی ندارد. در حالی كه آمریكا قبلا از خروج سفیران اروپایی از تهران ، ضمن اعلام حمایت از این اقدام خوشحالی خود را نیز اعلام كرده بود.

(روزنامه جمهوری اسلامی ـ 1376/8/22) عقب نشینی صریح جامعه اروپا از مواضع خود در قبال ایران كه نشانه بارز آن بازگشت نمایندگان سیاسی 12 كشور اروپایی به تهران بود، بازتاب گسترده ای در مطبوعات و رسانه های گروهی جهان داشت.

بسیاری از رسانه های جهانی این اقدام جامعه اروپا را شكستی برای كشورهای اروپایی بویژه آلمان دانستند و معتقد بودند كه این كشور بهای گزافی را در قبال این پرونده پرداخت.

در همان زمان هفته نامه آلمانی اشپیگل نوشت كه بن (مركز دیپلماتیك وقت آلمان) باپذیرش بازگرداندن سفیر خود به عنوان آخرین سفیر اتحادیه اروپایی به تهران، در مقابل ایران تسلیم شد. این مجله در گزارشی به نام «همه بیرون، همه برگردند» نوشت: ده نفر از سفرای اتحادیه اروپا با استفاده از پرواز شبانه سوئیس ایر از زوریخ بسمت تهران پرواز كردند تا قبل از سپیده دم روز بعد در تهران باشند. قسمت دوم این توافق در حقیقت نقش اصلی را بازی می كرد و آن اینكه سفیران بن و پاریس روز اول آذرماه به محل ماموریت خود در ایران بازگردند.

اشپیگل به نقل از یك دیپلمات عالیرتبه اروپایی همچنین نوشت كه ایران اصولاً نیازی به این توافق نداشت زیرا پایان همبستگی اعضای اتحادیه اروپا با آلمان به خوبی قابل پیش بینی بود وسفرای اروپایی در این اواخر چنان عجله می كردند كه دوست داشتند ده روز زودتر در تهران باشند. به رغم ادعای دولت هشتم در تنش زدایی در اول اردیبهشت 1382 شهرداری منطقه «شارلوتون برگ» شهر برلین با نصب لوح یادبودی در برابر رستوران میكونوس، بار دیگر ایران را متهم كرد. اگرچه متن نهایی لوح با دخالت دفتر صدراعظم آلمان و سناتور داخلی برلین تغییر داده شد اما همچنان توهین آمیز بود.

در پی تعلل دستگاه دیپلماسی ایران، شهردار وقت تهران دكتر احمدی نژاد اقدام به نصب لوح یادبود جانبازان شیمیایی در مقابل سفارت آلمان كرد. این اقدام آلمان اولین از این دست نبود، بعد از تسخیر سفارت امریكا در 13 آبان 1359 دولت آلمان با صدور اعلامیه ای این اقدام را محكوم كرد و خواستار آزادی گروگانها شد.

هلموت اشمیت صدراعظم وقت آلمان با جیمی كارتر در مساله گروگان گیری ابراز همبستگی كرد و طی مصاحبه ای گفت آلمان در هر صورت امریكا را تنها نخواهد گذاشت و از اقدامات واشنگتن حمایت خواهد كرد. در جواب این سوال كه این حمایت چگونه خواهد بود صدراعظم آلمان پاسخ داد تمام آنچه را لازم باشد و به آزادی گروگانها بی انجامد انجام خواهد داد.

در اثر فشار امریكا سپرده های ایران نزد بانك های آلمان توقیف شد. در اردیبهشت 1359 شورای وزیران جامعه اروپا تصمیم گرفت ایران را از نظر اقتصادی تحریم كند و غیر از مواد غذایی و دارویی صدور هر نوع كالا به ایران را ممنوع اعلام كرد. آلمان نیز در این تحریم شركت نمود. اما پاره ای از شركت های آلمانی از طریق واسطه و كشورهای ثالث به صدور كالا به مقصد ایران ادامه دادند.

دومین رویارویی با حمله عراق به ایران آغاز شد كه آلمان به ظاهر موضع بی طرفی اتخاذ كرد. این دولت نیز مثل دیگر دول اروپا از اظهارنظر درباره متجاوز خودداری كرد. هنگامی كه رژیم صدام مناطق مسكونی ایران را بمباران می كرد آلمان سكوت كرد و سعی نمود روابط با هر دو كشور را حفظ كند. دولت آلمان كاربرد سلاح شیمیایی توسط رژیم صدام را محكوم كرد با این حال تلاش می كرد تا روابط بازرگانی با هر دو كشور را حفظ كند.

این دولت مجروحان جنگ را می پذیرفت و مخصوصا مصدومان شیمیایی را معالجه می كرد. اما به رغم آنكه آلمان بر طبق تعهدات بین المللی خود نمی توانست به كشورهای در حال جنگ و به مناطق بحرانی اسلحه بفروشد با وجود این بعضی از شركت های آلمانی این مقررات را زیرپا نهادند و مواد اولیه لازم برای ساخت تسلیحات شیمیایی را در اختیار عراق گذاشتند. مداركی كه بعد از جنگ به دست آمد نشان داد همكاری شركتهای آلمانی با عراق در ساخت سلاح شیمیایی وسیع بوده است .