از آنجایی که حفظ بذور در شرایط مطلوب در زمان برداشت تا زمان کاشت خواسته ماست، از نظر منطقی و اقتصادی ذخیره حجم زیاد گونه های زراعی (مثل غلات و لگوم ها) در شرایط کنترل دما و رطوبت غیر عملی و نشدنی است. ذخیره بذر در محیط محصور زمانی ممکن است که موارد احتیاط نحوه ذخیره سازی رعایت شده باشد:
۱. محافظت در برابر آب: سقف ، دیوارها و کف ها باید ضد آب و دارای موانع مناسب رطوبت باشند.
۲. محافظت در برابر اختلاط ارقام: برای ذخیره انبوه ، برای هر رقم یک سطل جداگانه باید تهیه شود. برای نگهداری در کیسه ، بذرهای هر رقم باید جداگانه بسته بندی شوند. تمام ظروف باید دارای برچسب نام رقم و شماره بخش باشند.

۳. تهویه و هوادهی مناسب: فن ها و یا دمنده ها برای تأمین جریان هوا بکار می روند بنابراین می توانند گرما و رطوبت را کاهش دهند هرگونه دهانه ی قسمت بیرونی باید با مش پوشیده شود تا از حمله حیوانات یا حشرات جلوگیری شود. چه بذرهایی که در هوای آزاد قراد میگیرند و چه آنهایی که بسته بندی می شوند باید با دیواره ها فاصله داشته باشند تا جریان هوا کاهش پیدا کند.
۴. محافظت در برابر جوندگان: در كشورهاي در حال توسعه نابودي بذر به دليل آلودگي به حشرات موذي، به ويژه موش ، بسيار محتمل است. به عنوان مثال ، خسارت هایی به میزان 50 تا 100٪ در مزارع  برخی از مناطق هندوراس ، لائوس ، بنگلادش و هند گزارش شده است. ساختار های فلزی و بتونی ، در صورت مقرون به صرفه بودن ، معمولاً از جوندگان بخوبی محافظت می کنند. ذخایر کوچک بذر باید به میزان یک متر از زمین کف را فاصله بدهند در ضد جونده داشته باشند و دارای یک رمپ حامل نیز باشند سطل های فلزی، رس پخته و یا پلاستیکی با پوشش محکم نیز در مقابل جوندگان محافظت می کنند.

۵. محافظت در برابر حشرات: لارو آفات انباری مانند سوسک ها ( بروچیدها)، بذر زادها حتی در بذور خشک نیز ایجاد مشکل می کنند و از ذخایز آنها استفاده می کنند. تاسیسات ذخیره سازی بعد از هر بار تخلیه باید ضدعفونی شوند مانند سطل ها، جعبه ها که بذر در ان ذخیره می گردد. در ورودی یک ساختمان فرعی و هر جا که در ورودی به بخش اصلی دارد به حشرات دسترسی مستقیم  به بذر ها را می دهد . پایین اوردن دما و رطوب الزامی است.

۶. محافظت در برابر قارچها: بیشتر قارچها در شرایط گرم و مرطوب بهترین رشد را دارند بنابراین با خشک کردن بذر ها تا رطوبت مطلوب و نگهداری انها در شرایط تهویه مناسب خسارت قارچ ها را کاهش می دهد. تیمار بذر ها با قارچ کش ممکن است برخی از قارچ های انباری را کنترل کند (اگرچه بسیاری از قارچ کش ها روی قارچ های خاک موثرتر هستند) اسپری کردن  قارچ کش زمانیکه تاسیسات خالی است سودمند می باشد.