یازده ساله بود که به تربت حیدریه رفت، سالهای نوجوانی مهدی در تربت حیدریه سپری شد وقتی که او به مدرسه ی هراتی و حوزه ی علمیه ی تربت آمد و پدر برایش یک زیرزمینی با ماهی دو تومان کرایه کرد و او در تنهایی و دور از پدر و مادر همه توانش را به کار برد تا بخواند و بیشتر بداند. پدر از قول صاحب خانه اش نقل کرده است که او شب های زیادی را شاهد خوابیدن مهدی روی کتاب ها بوده است . پس از چند سال بهره گیری از محضر استادان و روحانیون مدرسه ی علمیه ی هراتی تربت حیدریه مهدی به مشهد رفت و به جمع طلاب مدرسه ی علمیه ی نواب مشهد پیوست، این در سال ۱۳۴۶ بود.

پس از دو سال حضور در مدرسه ی علمیه نواب مشهد و آشنایی بیشتر با ریز و درشت مسائل موجود در کشور فعالیت مذهبی شهید یعقوبی آغاز شد. از سال ۱۳۵۲ به بعد وارد مرحله ی تازه ای در زندگی خویش شد در همین سال ها بود که با دختر یک روحانی ازدواج کرد و چند ماهی را با همسرش در روستای علیک زندگی کرد.

با پخش اعلامیه های حضرت امام توأمان وارد فعالیت های سیاسی و مذهبی شد. سال هایی که در مشهد بود اقدام به تشکیل یک گروه تحقیقی پژوهشی نمود که حاصل کار این گروه چاپ کتابی بود به نام «اسلام در مقابل پیشرفتها و نیازها» . علاوه بر این به اقتضای شغل روحانیت در کار تبلیغ نیز بود. باخرز، تایباد و برخی از شهرهای شمال ایران از جمله شهرهایی بودند که پذیرای او در کارتبلیغ بودند . در همین سال ها بود که میل به دانش او را به پای دروس خارج آقای «علم الهدی» و نیز بحث های فلسفی کشاند. سال های بعد که با اوج گیری حرکت های انقلابی مردم همراه بود شهید یعقوبی نیز با تمام وجود در این جهت تلاش می کرد، دوستانش از پشتکار و انگیزه ی قوی او برای انتقال ارزش  های اسلامی به مردم و ایجاد بیداری در آن ها خاطرات بسیار به یاد دارند. سال ها ی نزدیک پیروزی انقلاب را همراه خانواده اش در مشهد زیست با قناعتی که هنر زندگی زاهدان ومردان خداست.

پیروزی انقلاب اسلامی به سال ۱۳۵۷ گشودن دفتری تازه بود، در زندگی زاهدانه ی شهید یعقوبی که او باید بر برگ آن دفتر نقش های دل انگیز یک زندگی توأم با شرافت و عزت را می کشید. حالا او باید پای در فعالیت های اجرایی می نهاد. ضرورت تشکیل دادگاهها و اجرای احکام شرع سبب شد تا او نخست به عنوان حاکم شرع تربت جام و پس از آن به عنوان حاکم شرع تربت حیدریه و سپس حاکم شرع دادگاه ناحیه ۴ خراسان برگزیده شود. سعی و تلاش او در اجرای دقیق احکام که با نکته سنجی و ظرافت و دقت همراه بود از او یک قاضی نمونه در سطح کشور ساخت و در آن زمان از سوی آیت ا… موسوی اردبیلی که ریاست قوه ی قضائیه را بر عهده داشتند به عنوان قاضی نمونه ی کشوری انتخاب شدند.

در این سال ها علاوه بر انجام کار قضاوت از شرکت در جبهه های جنگ نیز غافل نبود و هرگاه فرصتی دست می داد به جبهه می شتافت . در سال ۱۳۶۲ شهید یعقوبی به توصیه ی برخی از افراد و از جمله آیت ا… معصومی امام جمعه آن زمان تربت حیدریه برای شرکت در انتخابات مجلس ثبت نام کرد و با اکثریت آرا به عنوان نماینده ی تربت حیدریه در مجلس انتخاب شد . به دلیل آشنایی با مسائل قضایی عضو کمیسیون قضایی مجلس گردید. با این همه، حضور در مجلس مانع از آن نشد که او عشق به جنگ و حضور در جبهه را به فراموشی بسپارد، تجلیل او از شخصیت شهید چمران و حضور مداوم در جبهه ها گویای این حقیقت است. او خلوص را مستلزم حضور در جبهه ها می دانست چرا که در یکی از نطق ها ی قبل خود گفته بود: «وای به حال ما اگر جنگ تمام شود و ما زنده بمانیم، آن وقت معلوم می شود که چقدر ناخلفیم.»

روز اول اسفند سال ۱۳۶۴ شهید یعقوبی به اتفاق شهید محلاتی و جمعی دیگر از فرماندهان ارتش و سپاه برای بازدید از جبهه ها به سمت اهواز پرواز می کننددر آسمان خوزستان هواپیمای ایشان در محاصره ی هواپیماهای عراقی قرار می گیرد و از مسافران خواسته می شود میان اسارت و شهادت یکی را انتخاب کنند و همه ی آن ها از جمله شهید یعقوبی شهادت را برمی گزینند و به این ترتیب هواپیمای حامل آنها هدف تیر دشمن قرار می گیردو سرنگون می گردد.

پیکر پاک آن شهید با شکوهی خاص بر فراز انبوه دستانی که هنوز زبان زد مردم است تشییع و در بهشت عسکری شهرستان تربت حیدریه در کنار دیگر شهدای دفاع مقدس به خاک سپرده شد.